無機陰離子是發展早，也是目前比較成熟的離子色譜檢測方法，包括水相樣品中的氟、氯、溴等鹵素陰離子、硫酸根、硫代硫酸根、氰根等陰離子，可廣泛應用于飲用水水質檢測、啤酒、飲料等食品的安全、廢水排放達標檢測、冶金工藝水樣、石油工業樣品等工業制品的質量控制。特別由于鹵素離子在電子工業中的殘留受到越來越嚴格的限制，因此離子色譜被廣泛的應用到無鹵素分析等重要工藝控制部門。

　　隨著離子色譜技術的發展，新的分析設備和分離手段不斷出現，逐漸發展到分析生物樣品中的某些復雜的離子，目前較成熟的應用包括：
 

　　1)生物胺的檢測

　　Metrosep C1分離柱;2.5mM硝酸/10%丙酮淋洗液; 3 µL進樣，可有效分析腐胺、組胺、尸胺等成分，已經成為刑事偵查系統和法醫學的重要檢測手段。
 

　　2)有機酸的檢測

　　Metrosep Organic Acids分離柱，MSM抑制器 ;0.5 mM H2SO4作為淋洗液，可有效分析包括乳酸、甲酸、乙酸、丙酸、丁酸、異丁酸、戊酸、異戊酸、蘋果酸、檸檬酸等各種有機酸成分，在微生物發酵工業、食品工業都是簡便有效的分離方法。
 

　　3)糖類分析

　　目前已經開發出各種糖類的分析手段，包括葡萄糖、乳糖、木糖、阿拉伯糖、蔗糖等多種糖類分析方法。在食品工業中的應用尤其廣泛。